本系於民國81年以「食品衛生科」為系名創立，培育第一線食品製造之技術專業人才；隨這社會進步與變遷，於民國89年更名為「食品科學系」，以培育食品科技與營養並重之食品專業人才。在經歷台灣食品產業的變遷，於民國97年改名為以技術專業為導向的「食品科技系」，並將培育食品營養專業人才的目標轉為培育以餐飲科技的專業人才；目前是國內食品與餐飲相關科系唯一強調餐飲結合科學之系所，極具現代飲食之特色。
本系配合產業發展需求及中部地區教育資源規劃之發展方向，並基於學校「發展健康醫護特色，培育醫護、健康與管理人才」之教育目標，以及健康科學院「維護國民健康福祉」發展宗旨，從而統合「食品」、「保健」與「餐飲」三個專業領域為本系發展主軸 ，以務實之教學策略，致力於專業技能之培訓，達到培育具有保健與衛生安全專業知能，具有整合食品科技及餐飲技術之專業人才，以因應未來食品產業發展朝向健康化與多元化之需求趨勢，並有效結合本校其他院系資源，培育具備食品科技、保健食品及餐飲技術與品保專業人才。
在這個變遷的過程中，本系為了食品與餐飲人才的培育開辦了勞動部勞動力發展署技能檢定考試，先後成立了中餐烹調、烘焙食品、食品檢驗分析及中式麵食等技能檢定考場，並開辦了22種職類之乙丙級技術士的技能檢定考試，未來也將成立食物製備檢定考場及辦理相關考試。同時輔導學生考取烘焙食品、中式麵食、食品分析檢驗及中餐烹調等乙、丙級技術士證照，並鼓勵學生參加競賽，建立專業自信心，並結合學生實習、產學合作、業師協同教學等方式拓展實務經驗，使學生擁有技術與證照、以強化就業能力。
本系另一大亮點特色就是於民國95年成立了國內食品相關大專院校少有之專業的食品感官品評實驗室，並且應聘了國內在科學感官品評領域的專業師資，目前是國內大專院校在食品感官品評領域研究與教學的重鎮。近兩年來，本系連續獲得教育部產業學院計畫補助，與國內咖啡及茶業者合作，辦理以國人生活性描述語及品飲經驗為基礎之品鑑大會，運用科學性感官分析，提升產品品質與品飲體驗，可以讓產品商有效且有感的與消費者溝通，增加產品的行銷，獨步全國。本系將結合這些經驗，強化相關設備進行飲料製備與品評之人才培育並結合烘焙餐飲特色，打造全方位之現代食品餐飲科技人才。
COVID-19 的疫情顯而易見的影響了消費者對於安全、美味、營養及保存良好的即食食品需求，這個趨勢正是本系以食品科技與餐飲科技為主軸的核心目標與價值；於2021年間斥資千萬打造全國首間「烘焙餐飲多功能教室」，除設置兼具西式輕食餐飲及烘焙的多功能設備之外，更搭配新進的視聽設備，提供學生進行西式輕食餐點、烘焙製作及創意餐飲等實務教學，把學生未來就業或創業最感興趣的西式輕食及烘焙結合在一起，耗資千萬採購業界最新型的機器設備，建構一個兼具西式輕食及烘焙的多功能教室，讓學生可以在貼近未來職場環境中探索個人興趣，快速累積就業競爭力及創業實戰力。
近年來，食科系師生在各種食品餐飲相關競賽上，獲得極為優異的成績，在全國科技大學食品相關科系所向匹敵。食科系的師生也透過「人才培育」與「在地連結」，走入社區，進入農村及國小教學場域，進行食品營養、食品安全及餐食製作等教學服務，共同促進在地產業聚落、社區文化創新發展，活絡地方成長動能，促成區域創新。
台灣是全世界老齡化人口比例最多的國家之一，本系也結合烘焙餐飲製作及感官品質科學評估的特色及研究能量，與本校護理系合作，透過食物酵素及低溫烹調的方式，研發出保留食物原貌且兼具營養與美味之軟食餐點，讓吞嚥困難者得以輕鬆進食，滿足高齡者的營養需求並兼顧生活品質，開創兼具營養與尊嚴的飲食風潮。
2022年是本系邁向成立30年，我們在現有的基礎上，統合「食品」、「保健」與「餐飲」三個專業領域朝現代飲食生活的實踐者與夢想家持續前進。